《鋼之煉金術(shù)師：嘆息之丘的神圣之星》是獨(dú)立于此前兩部動(dòng)畫內(nèi)容的全新故事。在位于中央首都的監(jiān)獄，即將刑滿的男人梅爾文逃獄出脫了，他掌握著神秘而強(qiáng)大的煉金術(shù)。為了追尋這個(gè)男子的身影，愛(ài)德華與阿爾馮斯來(lái)到了西部邊境，被稱作圣地的“米洛斯”。在這個(gè)被巨大巖石包圍的地方，兄弟二人遇到了少女茱莉亞，并被一個(gè)名叫黑蝙蝠的反抗組織捕獲。隨著調(diào)查的深入，他們逐漸了解到這個(gè)城市里隱藏著的血腥歷史……